MacawScoreFile ::= {
  version { major 1, minor 02 },


-- PAM-250 matrix modified from  Dayhoff, Atlas of Protein Sequence
-- and Structure. Natl. Biomed. Res. Found., Washington DC,  Vol. 5, Sup. 3.

  scores {
    title      "PAM 250",
    seq-type   amino,
    symbol-set "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY",
    score-table {
        { 2,-2, 0, 0,-4, 1,-1,-2,-1,-2,-1, 0, 1, 0,-2, 1, 1, 0,-6,-3 },
        {-2,12,-5,-5,-4,-3,-3,-2,-5,-6,-5,-4,-3,-5,-4, 0,-2,-2,-8, 0 },
        { 0,-5, 4, 3,-6, 1, 1,-2, 0,-4,-3, 2,-1, 2,-1, 0, 0,-2,-7,-4 },
        { 0,-5, 3, 4,-5, 0, 1,-2, 0,-3,-2, 1,-1, 2,-1, 0, 0,-2,-7,-4 },
        {-4,-4,-6,-5, 9,-5,-2, 1,-5, 2, 0,-4,-5,-5,-4,-3,-3,-1, 0, 7 },
        { 1,-3, 1, 0,-5, 5,-2,-3,-2,-4,-3, 0,-1,-1,-3, 1, 0,-1,-7,-5 },
        {-1,-3, 1, 1,-2,-2, 6,-2, 0,-2,-2, 2, 0, 3, 2,-1,-1,-2,-3, 0 },
        {-2,-2,-2,-2, 1,-3,-2, 5,-2, 2, 2,-2,-2,-2,-2,-1, 0, 4,-5,-1 },
        {-1,-5, 0, 0,-5,-2, 0,-2, 5,-3, 0, 1,-1, 1, 3, 0, 0,-2,-3,-4 },
        {-2,-6,-4,-3, 2,-4,-2, 2,-3, 6, 4,-3,-3,-2,-3,-3,-2, 2,-2,-1 },
        {-1,-5,-3,-2, 0,-3,-2, 2, 0, 4, 6,-2,-2,-1, 0,-2,-1, 2,-4,-2 },
        { 0,-4, 2, 1,-4, 0, 2,-2, 1,-3,-2, 2,-1, 1, 0, 1, 0,-2,-4,-2 },
        { 1,-3,-1,-1,-5,-1, 0,-2,-1,-3,-2,-1, 6, 0, 0, 1, 0,-1,-6,-5 },
        { 0,-5, 2, 2,-5,-1, 3,-2, 1,-2,-1, 1, 0, 4, 1,-1,-1,-2,-5,-4 },
        {-2,-4,-1,-1,-4,-3, 2,-2, 3,-3, 0, 0, 0, 1, 6, 0,-1,-2, 2,-4 },
        { 1, 0, 0, 0,-3, 1,-1,-1, 0,-3,-2, 1, 1,-1, 0, 2, 1,-1,-2,-3 },
        { 1,-2, 0, 0,-3, 0,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1,-1, 1, 3, 0,-5,-3 },
        { 0,-2,-2,-2,-1,-1,-2, 4,-2, 2, 2,-2,-1,-2,-2,-1, 0, 4,-6,-2 },
        {-6,-8,-7,-7, 0,-7,-3,-5,-3,-2,-4,-4,-6,-5, 2,-2,-5,-6,17, 0 },
        {-3, 0,-4,-4, 7,-5, 0,-1,-4,-1,-2,-2,-5,-4,-4,-3,-3,-2, 0,10 }
    },

    -- Statistical constants computed according to 
    -- Karlin & Altschul (1990).  Proc.Natl.Acad.Sci.USA  87, 2264-2268.

    stats-table {
      --   m   lambda  kappa   --
        {  2, 0.2244, 0.0878 },
        {  3, 0.1784, 0.1066 },
        {  4, 0.1432, 0.0842 },
        {  5, 0.1163, 0.0585 },
        {  6, 0.0966, 0.0430 },
        {  7, 0.0821, 0.0340 },
        {  8, 0.0712, 0.0284 },
        {  9, 0.0627, 0.0246 },
        { 10, 0.0560, 0.0219 },
        { 11, 0.0506, 0.0198 },
        { 12, 0.0461, 0.0182 },
        { 13, 0.042,  0.017  },   -- estimated
        { 14, 0.039,  0.015  },   -- estimated
        { 15, 0.036,  0.014  },   -- estimated
	{ 16, 0.034,  0.018  }} } -- estimated
}